参见：腾讯QQ
显示隐身
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很多包含显示隐身功能的第三方软件侵犯了用户隐私和腾讯公司的著作权，因此受到腾讯的指责和法理维权。但是，2004年推出的“QQ千里眼”功能因为也可以获取好友隐身信息而受到诟病，因此腾讯于2008年12月1日关闭了该功能。
清理第三方QQ软件
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参见：第三方QQ软件和珊瑚虫QQ2003年，腾讯公司采取首次维权。但是，2004年，互联网上开始流行更多的第三方QQ版本，如飘云、狂人、传美等。到了2006年，腾讯公司改变策略，开始清理第三方QQ软件，选择了当时用户数最多、影响最大的珊瑚虫QQ，最终珊瑚虫QQ作者被捕。同时期的其他第三方QQ软件（如飘云版QQ）因此事也自行宣布停止开发。有人认为珊瑚虫QQ作者被捕是因为珊瑚虫的“去广告”功能和以植入第三方插件的方式收取第三方插件商广告费用与腾讯公司产生了利益冲突。但是，第三方软件的确在法律上侵犯了腾讯公司的软件著作权并以此来盈利，并且第三方软件也给用户带来了隐私泄露和安全上的风险。
由於QQ在Android上的應用程式飽為詬病，有互聯網愛好者在酷安網中QQ應用的評論區发布自行修改的QQ應用。修改內容包括主题美化、去除QQ消息氣泡、防止消息撤回、遏止後台等內容。用戶如使用经过修改的第三方Android QQ可能會被騰訊發現並风控/冻结賬號。
消息过滤
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早在2003年就有用户反映通过QQ传送的信息似乎被过滤和检查过。后经专业人士分析指出：QQ系统被安装上了关键字过滤系统，除了被要求安装关键字过滤系统，因怀疑大量百度空间网页带有木马病毒、.cn域名因及其低廉的价格制造了大量垃圾信息网站，百度空间域名和.cn域名也一度遭到屏蔽。用户所发送的信息含有所设定的任意一个关键字，整句就会被截下，而用户方没有提示，接收方也收不到，在接收方的QQ屏幕上将无任何显示。最开始有近800个关键字，2007年发展到1041个。在珊瑚虫案起诉书被公布后，有网友发现在QQ上发送珊瑚虫案起诉书全文会被强迫下线并提示“危害其它用户”。在2009年春节期间，山寨春晚的网址亦遭屏蔽，腾讯的理由为“不良网址”。截止到QQ2010版本，之前的信息过滤（如山寨春晚网址，.cn的域名等）均不再屏蔽，同时大量政治敏感词汇也逐步解封。[來源請求]
2018年2月25日起至3月底，微信头像、昵称及个性签名、QQ空间个人档资料内容暂时无法修改；2019年纪念六四运动30周年前后亦发生过此现象。[10]
2018年5月9日晚间，腾讯QQ服务突然出现故障，具体表现为消息频频显示发送失败，文件传输也不稳定。[11]
兼容性
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参见：WebQQ
腾讯QQ能在Windows和Mac OS X平台下运行。加入了键盘保护驱动（购自INCA Internet Co., Ltd.）的某些版本会造成Windows XP系统蓝屏。而Windows Vista刚刚發佈时，其键盘保护驱动再次导致系统蓝屏，不久，腾讯发布的2007 Beta1版本解决了此问题。腾讯比较重视对不同版本Windows的兼容性，在常见Windows平台上基本能很好地运行。现在，QQ For Mac、Linux已经出现，但Mac OS X和Linux平台上的版本功能较为单一[12]。
由于没有相关系统的官方QQ版本，一些网友自己开发了相应的客户端。这些客户端可兼容QQ登录协议，可实现登录、发送消息等功能，但不能实现Windows版本客户端的全部功能。目前Linux平台下网友自己开发的较好的QQ客户端包括Icalingua++（页面存档备份，存于互联网档案馆）、Eva（支持文件传输）、LumaQQ（开发已停滞）、Pidgin（该客户端支持多客户协议，除QQ外还支持MSN、Yahoo、Google等多个公司的即时消息协议）。目前，由于腾讯对第三方客户端的封锁操作，这些客户端大部分情况下无法正常登录，例如Pidgin，设置使用2008 QQ版本可以登录，但是有时会出现账号被锁定的情况，需要激活。
Mac OS平台则有LumaQQ的Mac版本iQQ等。2008年1月28日随着QQ for Mac 1.0 Preview版本的登场，此问题得以解决[13]。QQ for Mac是一款Universal应用程序，支持Intel和PowerPC硬件平台，全面支持Tiger和全新Leopard操作系统。2008年7月31日，官方的QQ for Linux（页面存档备份，存于互联网档案馆）提供下载。
2006年年底开始有使用者发现，USB键盘的使用者按任意键或者插拔键盘就有可能出现蓝屏、花屏甚至重启，特别是运行大型游戏（已经证实的有魔兽世界、极品飞车9、CS、模拟人生2、完美世界国际版等）使用快捷键操作的时候，并且不启动QQ时也会出现同一情况。最终人们发现这一问题是QQ的密码保护功能与USB接口键盘不兼容所造成。由于最初很少用户怀疑这个问题和QQ有任何关系，这一问题给部分用户造成很大损失，轻则更换键盘、重装系统，重则修理主板和内存。[14]2007年2月7日腾讯QQ在其网站上登出了声明，提出了临时解决方案，这一方案与两个半月之前网友提出的解决方案基本雷同。直到2007年8月1日，这一问题仍未彻底解决。
2009年至2020年期间，腾讯一直未对QQ的Linux版本进行维护升级，仅在2020年4月9日释出Beta 2.0版本。腾讯试图通过其推出的网页版QQ：WebQQ（现称SmartQQ，已在2018年12月停止服务）来满足其他平台用户群的需求。
Windows操作系统安装QQ后，会出现“QQ安全防护”进程，此进程用户无法直接禁止运行，而且会随着操作系统启动时自动运行，大部分用户对此感到厌恶[15]。
QQ用户状告腾讯被拒
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腾讯因为在处理用户QQ号被盗方面措施不利而多次被用户起诉。2007年11月，济南用户王谦因为自己号码被盗却要为盗号者買单一事状告腾讯公司[16]。
扫描硬盘文件
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2010年初开始，开始有网民在论坛和网站质疑腾讯QQ扫描硬盘文件，认为腾讯QQ在正常工作时，会扫描大量与程序自身无关的软件和用户的个人文件，认为QQ在「窥视」用户隐私。随后爆发的「3Q大战」中有武汉的网友用微软出品的Process Monitor监视QQ，认为QQ存在扫描行为。而早在2010年中，有用户制作了一款免费开源非商业的“QQ侦探”软件以阻止QQ扫描用户的硬盘。2010年11月5日，腾讯公司声明QQ确实会扫描用户部分硬盘文件，但这只是正常的安全检查。后续腾讯QQ在隐私处理上更加谨慎，在保障安全的前提下，只对内存、QQ安装目录等易被木马入侵的关键位置进行检查，且只检查可执行文件，不涉及到用户隐私。
腾讯WebQQ窃取用户Gmail账号
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主条目：WebQQWebQQ 2.0于2010年9月14日发佈当天，曾有一个登录Gmail邮箱的网页应用，有人通过查看网页源代码发现该应用除连接Gmail的服务器获取认证外，还会将用户的登录资料发送到腾讯的一个服务器。不久，该应用随即被举报为欺诈网站；到了当天下午该应用被撤下[17]。
在WebQQ2.0于2010年九月上线后，增添了一个通过其网站登陆Gmail的功能。但是，腾讯制作了一个https://web2.qq.com/cgi/gmail/gmail.html[永久失效連結] 的网站（经由网友举报已被Firefox、Chrome报告为钓鱼网站）。在其.js文件中，有账号和密码被发送到腾讯服务器上的证据，目的不明。目前腾讯已将此功能撤下。[18]
声音商标注册争议
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2014年5月4日，腾讯公司向国家工商行政管理总局商标局提出“嘀嘀嘀嘀嘀嘀”（QQ新消息提示音）声音商标的注册申请。2015年8月11日，商标局以“申请商标由简单、普通的音调或旋律组成，在指定使用项目上缺乏显著性”为由拒绝这一申请，后腾讯公司向商标评审委员会提出复审申请，并提交包括多个版本的QQ有新消息传来时提示音的证据，但商评委仍以“难以起到区分服务来源的作用”为由拒绝。腾讯公司表示不服，向北京知识产权法院提起行政诉讼，将商评委告上法庭，并提交了申请商标的音频文件、商标注册申请书及申请商标的光谱表、频谱表、波形图，用以证明申请商标并非“嘀嘀嘀嘀嘀嘀”声音的简单重复，以及国家图书馆检索的152篇文献，用以证明QQ提示音已经长期大量使用，而且领域广泛，能够起到区分服务来源的作用。根据北京知识产权法院的一审判决，认定该声音商标具有标识服务来源的功能，故撤销商评委作出的被诉决定。但商标评审委员会不服一审判决，向北京市高级人民法院提起上诉。商标评审委员会认为，商标“嘀”音组成的声音常见于包含电子组件的相关产品的报警音或提示音等情况，缺乏商标应有的显著性，难以起到区分服务来源的作用。2018年10月底，北京高院终审宣判，驳回商评委上诉，维持一审判决，意味着“嘀嘀嘀嘀嘀嘀”声可以注册为商标[19][20]。
涉嫌读取用户浏览记录
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2021年1月14日晚，有网友在技术讨论社区V2EX反映，其从Microsoft Store安装的QQ桌面版涉嫌未经授权读取用户浏览记录，引起网友热议。经其他网民测试，发现Windows平台下的桌面版QQ和TIM均存在读取Chromium内核浏览器历史记录默认存储位置的行为，此行为最迟于2019年6月开始存在[21][22]。腾讯官方账号于1月18日在知乎解释为“该操作为历史上线的一个对抗恶意登录的技术解决方案”，“所有相关数据不会上传至云端，不会储存，也不会用于任何其他用途”并致歉[23][24][25]。腾讯在1月17日发布的新版QQ和TIM据称已经移除了相关代码。
1月19日中午，有网友发现，部分反映QQ未经允许读取用户浏览记录的网页已经被腾讯列入“危险网站”屏蔽名单，无法在QQ或TIM的内置浏览器中访问。